Das Kontrafagott ist ein baulich um das Doppelte verlängertes Fagott. Der Aufbau beider Instrumente ist in einigen Teilen ähnlich, wobei beim heutigen Kontrafagott die Röhre mehrfach geknickt und nebeneinandergelegt ist. Zudem sind alle Instrumententeile durch Holz- oder Metallbögen fest miteinander verbunden und können nicht, wie bei Fagotten, in Einzelteile zerlegt werden. Hierfür ist unter anderem die Klappenmechanik verantwortlich, die sich beim Kontrafagott über den gesamten Instrumentenkorpus verteilt.
Lediglich das Schallstück, der Becher, ist abnehmbar. Durch einen Wechsel dieses Bechers kann der Musiker zwischen Kontra-C, Subkontra-B oder Subkontra-A als tiefsten Ton wählen. Zudem gibt es beim Kontrafagott zwei Varianten des A-Bogens. Die frühere Bauweise, bei der der sogenannte A Bogen mit dem Becher nach oben hinausragt, ermöglicht zwar eine bessere Klangabstrahlung, hindert den Spieler jedoch in seiner Sicht auf den Dirigenten. Die heute übliche Bauweise zeichnet sich dadurch aus, dass der Becher mit dem angeschlossenen B-Bogen weit nach unten gezogen wird und fast bis zur rechten Hand reicht.
Der S-Bogen des Kontrafagotts, der etwas größer ist als beim Fagott, wird schließlich in das Groß-S gesteckt. Dies ist das Verbindungsstück, das S-Bogen und erste Röhre miteinander verbindet. Am S-Bogen wird dann das Doppelrohrblatt befestigt, das üblicherweise aus Pfahlrohr, einer Schilfart, besteht.
Das Kontrafagott wird aufgrund seiner Größe und seines Gewichts heute ausschließlich im Sitzen gespielt. Wie beim Fagott wird der Ton beim Spielen durch das Doppelrohrblatt erzeugt. Hierbei bringt die Luft, die in das Doppelrohrblatt geblasen wird, die beiden Rohrblätter in Bewegung. Dies führt dazu, dass die Luftsäule innerhalb des Instruments, die beim Kontrafagott deutlich länger ist als beim Fagott, zu schwingen beginnt. Durch die einzelnen Tonlöcher, die beim Spielen mit Hilfe von Klappen abgedeckt werden, kann die Länge der schwingenden Luftsäule reguliert und somit die Tonhöhe variiert werden. Die Griffweise beim Kontrafagott entspricht der des Fagotts.
Das Kontrafagott klingt eine Oktave tiefer als das Fagott und verfügt über einen dunklen, üppig-sonoren und tragenden Ton. In der Höhe werden die Töne zunehmen heller und härter. Aufgrund dieser Klangeigenschaften eignet sich das Kontrafagott insbesondere für ernste und düstere Passagen.