1889 meldete Wilhelm Heckel ein weiteres Patent an, das eines der wohl bedeutendsten Erfindungen im Bereich der Fagotte war. Zu dieser Zeit bestand ein weit verbreitetes Problem bei Holzblasinstrumenten darin, dass die beim Spielen entstehende Feuchtigkeit in die Poren des Holzes eindrang und die Bohrung eines Instruments allmählich zerstörte. Dem hatte Wilhelm Heckel entgegengewirkt, indem er jene Stellen, die am meisten von Feuchtigkeit betroffen waren, ausfütterte. Er begann erstmals, die Bohrung von Flügel und enger Röhre des Stiefels mit einem der Fäulnis widerstehenden Material, dem Kautschuk, auszukleiden. Kautschuk eignete sich hierzu hervorragend, da es eine spiegelglatte und porendichte Innenwandung schaffte und somit zusätzlich eine einfache Ansprache und ein glänzender Ton erzeugt werden konnte.
Patentanmeldung
In demselben Jahr ließ Wilhelm Heckel zudem die Anordnung von Oktavklappen am Kontrafagott patentieren. Somit konnten die Töne vom oberen D aufwärts auch leer gegriffen werden, was den Musikerinnen und Musikern insbesondere das Spielen schneller Passagen erleichterte.
Am 18. Dezember 1889 erfolgte die Patentanmeldung der Heckel-Clarina. Das Instrument, das von Wilhelm Heckel und seinem Sohn Wilhelm Hermann entwickelt wurde, konnte sich jedoch leider nicht durchsetzen. Daher wurde nur eine geringe Stückzahl von rund 130-150 Exemplaren verkauft.